Mikołajki są doskonałym miejscem na wypoczynek nie tylko ze względu na swe atrakcyjne położenie w okolicy przepięknych jezior mazurskich, ale również dzięki otaczającej je unikalnej przyrodzie. Miasto stanowi dogodną bazę wypadową do Mazurskiego Parku Krajobrazowego, który charakteryzuje się wysokimi walorami naturalnymi różnorodnością świata roślin i zwierząt, lasów, torfowisk, jezior i wód płynących. Miejscem o szczególnej wartości przyrodniczej jest rezerwat na Jeziorze Łuknajno otaczający opieką rzadkie gatunki ptaków, w tym największe skupisko łabędzia niemego w Polsce. Podczas pobytu w Mikołajkach, warto odwiedzić niedaleki Park Dzikich Zwierząt w Kadzidłowie ze zwierzętami występującymi w mazurskich kniejach, a także muzeum w Stacji Badawczej PAN w Popielnie oraz fermę ze zwierzętami jeleniowatymi w Stacji Badawczej Instytutu Parazytologii PAN w Kosewie.
Centrum Mikołajek znajduje się na wschodnim brzegu Jeziora Mikołajskiego. Zwiedzając Mikołajki, warto zacząć od Placu Kościelnego gdzie znajduje się XIX-wieczny, klasycystyczny kościół ewangelicki z imponującą wieżą zegarową. Do najbardziej interesujących elementów w jego wnętrzu należy kasetonowe sklepienie, drewniane empory, organy i portrety miejscowych pastorów. Rolę Rynku w Mikołajkach pełni Plac Wolności ze wspomnianą fontanną Króla Sielaw, dawnym Ratuszem i ozdobnymi, eklektycznymi kamieniczkami. Najważniejszą i najbardziej malowniczą ulicą w Mikołajkach jest biegnąca wzdłuż brzegów J. Mikołajskiego ulica Kajki. Swój niezwykły urok zawdzięcza ona starym, parterowym domkom oraz skromnemu kościołowi z 1910 roku, który jest zbudowany z czerwonej cegły. Podczas wizyty w Mikołajkach punktem obowiązkowym jest również spacer po promenadzie poprowadzonej wzdłuż przystani jachtowej nad J. Mikołajskim.
Do Mikołajek przyciąga turystów także bogata oferta kulturalna. Latem odbywa się tutaj wiele interesujących imprez: Festiwal Króla Sielaw, Szanty w Mikołajkach, Festiwal Piosenki Żeglarskiej oraz wiele innych. Organizowane są tutaj także prestiżowe regaty żeglarskie.