Rzadko się zdarzało, by grody pograniczne król darowywał duchownym, gdyż z reguły nie sprawdzali się w roli gospodarzy-obrońców. Stracili swoje nadania podhalańskie cystersi, straciły Pieniny starosądeckie klaryski. Muszyna noclegi stanowi chwalebny wyjątek.
W 1288 r. stała się własnością biskupstwa krakowskiego i pozostała w ich rękach aż do roku 1772. Dzięki szerokim uprawnieniom Muszyna pensjonaty z okolicami (zwana „państwem muszyńskim”) trzymana była przez biskupów żelazną ręką. Wybudowali oni w Muszynie zamek, a miastu nadali prawo wydawania i wykonywania wyroków śmierci. Biskupi utworzyli w „państwie muszyńskim” oddziały harników – góralską „policję” przeznaczoną do zwalczania zbójników.