Zawoja istniała już prawdopodobnie pod koniec XVI wieku jako część wsi Skawicy i nosiła nazwę Skawica Górna. Po raz pierwszy pojawiła się w dokumentach w roku 1646 jako świeżo osadzone Zawoje. Nazwa wsi jest pochodzenia wołoskiego; wywodzi się z dacko-rumuńskiego słowa zavoiu (podmokły las nad urwistym zakolem rzeki) i pierwotnie brzmiała Zawój. Legenda wywodzi nazwę wsi od słowa zabój, wiążąc ją ze zbójnikami, a także od zawojów czyli kobiecych haftowanych chustek, z których wieś słynęła, czy też od wijącej się, zawijającej, krętej drogi.
W XIX wieku na terenie Zawoi Centrum znajdował się ośrodek produkcji żelaza, wspomagający hutę w Makowie. Składał się nań podwójny piec i młot wodny, tzw. kuźnica. Mniej więcej w tym samym czasie w Zawoi Wilcznej działała fabryka zapałek i tartak parowy. We wsi pracowały też liczne tartaczki wodne, folusze i młyny. W okresie międzywojennym Zawoja stała się miejscowością letniskową, o której rozwój starała się, utworzona w roku 1928, Komisja Klimatyczna. Wybudowano wiele pensjonatów, w tym zespół willi Polskiej Akademii Umiejętności. Powstało też muzeum regionalne, istniał zespół folklorystyczny, a także Oddział Babiogórski Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego. Zawoja noclegi to doskonała baza dla turystów.